91麻豆五十路|果冻传媒一区|91制片厂收费吗|国产尤物av午夜精品一区二区|科普一下天美传媒|精品亚洲成a人在线|麻豆传媒映画男优一阿伟|国产精品熟女91九色|麻豆传媒映画映百科全书|自拍区偷拍亚洲最新,精东影业精一禾传媒,麻豆映画传媒安卓下载,糖心系列唐伯虎vlog已更新

北理工課題組在蛋白質與RNA相互作用領域發(fā)表綜述文章


cdf357b5800c476199cc87e3b9b1b57d.jpg

近日,,北京理工大學生命學院的金花教授團隊在WIREs RNA(Wiley Interdisciplinary Reviews - RNA)發(fā)表了題為“Revealing the hidden RBP-RNA interactions with RNA modification enzyme-based strategies”的綜述,。文章綜述了RNA修飾酶的特點和基于RNA修飾酶開發(fā)的蛋白質與RNA互作的研究方法。該工作以金花教授和博士生李沖為共同第一作者,,樸威蘭博士為通訊作者,,北京理工大學為第一通訊單位。

RNA結合蛋白(RNA-binding proteins,,RBPs)是生物體內強有力的多功能調節(jié)因子,,通過在多個水平上調節(jié)基因表達,在生物體發(fā)育,、代謝和各種疾病中發(fā)揮重要作用。對RBP功能深入研究的需求,,推動了RBP-RNA相互作用檢測方法的快速發(fā)展,。近年來,,將RNA修飾酶(RNA modification enzymes,RME)與感興趣的RBP融合的檢測方法開發(fā)成為一個熱門研究方向,。該文章綜述了包括作用于RNA的腺嘌呤脫氨基酶ADAR,、末端核苷酸轉移酶TENT和激活誘導的胞嘧啶脫氨酶/載脂蛋白B mRNA編輯酶催化多肽樣(AID/APOBEC)蛋白家族脫氨酶在內的,RNA修飾酶的生物學功能,、生物化學活性和來自于酶自身與其結構域和伴侶蛋白的底物特異性,。同時,討論了RNA修飾酶活性篩選系統(tǒng),,以及具有工程酶活性的RNA修飾酶突變,。此外,文章提供了基于RNA修飾酶和基于交聯(lián)和免疫純化(CLIP)的RBP靶標檢測策略的基本原理,、優(yōu)缺點和應用的系統(tǒng)概述,,包括基于A-G的RNA編輯酶鑒定RNA結合蛋白靶標的TRIBE(Targets of RNA-binding proteins Identified By Editing)、基于RNA加尾酶的方法RNA Tagging,、C-U的RNA編輯酶APOBEC1介導的編輯靶標分析技術STAMP(Surveying Targets by APOBEC-Mediated Profiling),、CLIP-seq及其衍生技術 (圖1)。

這篇綜述指出經(jīng)典的CLIP方法存在抗體依賴性,、假陽性高,、重復性低的弊端,即使是改進后的iCLIP技術仍存在實驗操作繁瑣的缺點,,經(jīng)歷了十幾年的優(yōu)化過程后,,CLIP衍生技術走向了成熟。CLIP的改進版本構建了上百種RBP和RNA互作數(shù)據(jù)庫,,并且完成了高通量檢測方法ABC的開發(fā),。同時,文章也指出RBP-RME方法可以檢測細胞特異性的,、不同種類和不同亞細胞結構RNA靶標的特點,,并且具有同源異構體RNA(isoform)敏感性,這使得RBP-RME方法如TRIBE/STAMP具有潛在的強大功能,,進一步奠定了RBP-RME方法的基石地位,。文章首次提出RBP-RME方法的應用規(guī)則和測序方法選擇指南,并且在CLIP-seq為基礎的方法和RBP-RME方法兩者的選擇中給出具有參考價值的建議,。根據(jù)這篇論文,,人們可以洞察RNA修飾酶及RBP-RME方法的未來應用和改進方向。

遺傳與病理實驗室長期從事RNA編輯酶改造與檢測RBP-RNA互作方法的開發(fā)工作,。2021年,,在Science旗下的子刊Science Advances發(fā)表題為“TRIBE editing reveals specific mRNA targets of eIF4E-BP in Drosophila and in mammals”的研究論文,該論文在哺乳動物中利用TRIBE的改進版本HyperTRIBE證明,,在果蠅和哺乳動物體內mTOR抑制條件下,,eIF4E結合蛋白(4E-BP)通過eIF4E與一組特定的mRNA結合并抑制它們的翻譯,。這些結果解釋了4E-BP如何優(yōu)先抑制具有TOP基序的mRNA子集的翻譯,為4E-BP和它的靶標mRNA體內互作提供了第一個體內證據(jù),。2023年,,課題組樸威蘭博士和博士生李沖為共同第一作者,在International Journal of Molecular Sciences發(fā)表題為“Identification of RNA-Binding Protein Targets with HyperTRIBE in  Saccharomyces cerevisiae ”的研究論文,。該文章通過將RBP融合到人類RNA編輯酶ADAR2的高活性催化結構域,,并在酵母細胞中表達融合蛋白,首次在酵母中建立了有效的HyperTRIBE技術,,鑒定了RNA結合蛋白KHD1p和BFR1p的RNA靶標,。

本實驗室和其他研究團隊的研究成果顯示,HyperTRIBE具有無需抗體,、背景低,、靈敏度高、重復性好,、文庫制備過程簡單等優(yōu)勢,,為釀酒酵母、哺乳動物,、果蠅和植物中RBP靶標的鑒定提供了可靠的策略(圖2),。未來針對編輯酶的改造和其他RBP-RME方法的改進,將進一步提高RBP的RNA靶標鑒定效率并加深對生物學原理和人類健康與疾病的理解,。

實驗室相關研究由國家自然科學基金面上項目和中央高?;究蒲袠I(yè)務費專項資金資助,北京理工大學生物與醫(yī)學工程公共實驗中心提供儀器,、技術等支持,。

全文鏈接:https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/wrna.1863


分享到: