北理工課題組在生物傳感器領(lǐng)域發(fā)表綜述文章
發(fā)布日期：2024-10-14 供稿：生命學(xué)院 攝影：生命學(xué)院
編輯：肖雯 審核：常非 閱讀次數(shù)：
近日，北京理工大學(xué)霍毅欣教授課題組在1區(qū)TOP期刊《ACS Sensors》(影響因子：8.1996)發(fā)表了題為“Application Evaluation and Performance-Directed Improvement of the Native and Engineered Biosensors”的綜述,。文章綜述了轉(zhuǎn)錄因子生物傳感器的機(jī)制和構(gòu)建原則,、在生物技術(shù)領(lǐng)域的應(yīng)用,、以及響應(yīng)性能導(dǎo)向的改進(jìn)策略,。該工作以北京理工大學(xué)為第一通訊單位,，碩士生李敏為第一作者，陳振婭研究員和霍毅欣教授為共同通訊作者,。
蓬勃發(fā)展的生物技術(shù)經(jīng)濟(jì)依賴于生物工具和技術(shù)的不斷進(jìn)步,。DNA 合成在可支付性、成分標(biāo)準(zhǔn)化方面的提升以及計(jì)算機(jī)算法技術(shù)的進(jìn)步,，有力地推動(dòng)了各種遺傳元件在生物傳感器開發(fā)中的應(yīng)用,。基于轉(zhuǎn)錄因子（transcription factor, TF）的生物傳感器（transcription factor-based biosensor, TFB）因其具備模塊化,、多樣性、集成化和可定制性等特點(diǎn),，受到了廣泛的關(guān)注,。TF本質(zhì)上是一種具有特殊結(jié)構(gòu)和功能的調(diào)節(jié)蛋白,，會(huì)在響應(yīng)特定生物信號(hào)時(shí)發(fā)生構(gòu)象變化。生物體借助 TF介導(dǎo)的調(diào)節(jié)作用來(lái)調(diào)控代謝通量,，并維持整體代謝網(wǎng)絡(luò)的平衡,。TF在識(shí)別輸入配體后，可以結(jié)合或游離于配對(duì)啟動(dòng)子區(qū)域內(nèi)或附近的TF結(jié)合區(qū)（TFBR）,。這種相互作用通過(guò)影響RNA聚合酶（RNAP）與啟動(dòng)子的結(jié)合來(lái)調(diào)節(jié)下游基因的轉(zhuǎn)錄,。基于其傳感特性,，TF被廣泛用于開發(fā)基于細(xì)胞或無(wú)細(xì)胞的生物傳感系統(tǒng),，用于分子檢測(cè)或途徑調(diào)控。生物傳感過(guò)程通常包括三個(gè)階段：信號(hào)識(shí)別,、信號(hào)處理和信號(hào)報(bào)告（圖1）,。輸入信號(hào)通常是物理因素（如光、溫度,、滲透應(yīng)力）或生化分子（如代謝物,、環(huán)境污染物、有毒化合物,、生物標(biāo)志物,、氧、和pH）,。這些細(xì)胞內(nèi)/細(xì)胞外生物信號(hào)通過(guò)基于TF的遺傳回路進(jìn)行處理,，然后轉(zhuǎn)導(dǎo)成其他信號(hào)進(jìn)行定性或定量輸出或通路調(diào)控。
圖1 轉(zhuǎn)錄因子生物傳感器概述
盡管TFBs在各種應(yīng)用中取得了進(jìn)展,，但利用野生型TF及其原始配對(duì)啟動(dòng)子發(fā)展而來(lái)的原生TFB仍然面臨一些挑戰(zhàn),。天然TF是進(jìn)化用于維持微生物的生存和代謝平衡，而不是實(shí)驗(yàn)室場(chǎng)景,。天然TFB特異性較差,，難以區(qū)分結(jié)構(gòu)相似的信號(hào)分子，容易導(dǎo)致假陽(yáng)性,。這些生物傳感器狹窄的工作范圍阻礙了對(duì)真正優(yōu)質(zhì)細(xì)胞的篩選,。低靈敏度限制了低濃度信號(hào)分子的準(zhǔn)確檢測(cè)，使得環(huán)境或臨床環(huán)境中的痕量分析不切實(shí)際,。此文討論了定制TFBs特定功能和性能參數(shù)（如特異性,、動(dòng)態(tài)范圍、靈敏度和操作范圍）的工程策略,，甚至實(shí)現(xiàn)激活和抑制的功能反轉(zhuǎn),。此文深入討論了通過(guò)改變TFB的組成元件來(lái)系統(tǒng)地改善TFB的性能，包括TF、TFBR,、啟動(dòng)子,、核糖體結(jié)合位點(diǎn)（RBS）和拷貝數(shù)（圖2）。此外,，此文還討論了在多/跨學(xué)科合作的幫助下TFBs的進(jìn)展,，如現(xiàn)象模型、基于深度學(xué)習(xí)的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè),、DNA功能序列預(yù)測(cè)和蛋白質(zhì)從頭設(shè)計(jì),。
圖2 轉(zhuǎn)錄因子生物傳感器的性能評(píng)估與改造
此外，這項(xiàng)工作提出了TFBs在開發(fā)快速響應(yīng)生物傳感器和解決應(yīng)用隔離挑戰(zhàn)方面的未來(lái)方向,；展望了人工智能（AI）技術(shù)和編程TFB遺傳電路的各種模型的潛力,。此文為構(gòu)建和設(shè)計(jì)TFBs的提供了技術(shù)建議和基本指導(dǎo)，促進(jìn)了TFBs在工業(yè)4.0中的更廣泛應(yīng)用,，包括智能生物制造,，環(huán)境和食品污染物檢測(cè)以及醫(yī)學(xué)科學(xué)領(lǐng)域。
此項(xiàng)工作得到國(guó)家自然科學(xué)基金委,、河北省自然科學(xué)基金委和唐山市科技計(jì)劃項(xiàng)目的資助,，以及北京理工大學(xué)生物與醫(yī)學(xué)工程公共實(shí)驗(yàn)中心的支持。
霍毅欣教授團(tuán)隊(duì)在BmoR生物傳感元件的改造與應(yīng)用已發(fā)表多篇高水平文章,，例如Advanced Science, 2024, 11: 23,；Chemical Engineering Journal, 2024, 491: 152076；Microbial Cell Factories, 2019, 18: 30,；Metabolic Engineering, 2019, 56: 28-38,；ACS Synthetic Biology, 2022, 11: 1251–1260。
原文鏈接：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acssensors.4c01072
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